大内库藏武功秘笈《葵花宝典》失窃。东厂主管太监古今福（刘洵 饰）率千户欧阳全（张学友 饰）等，南下调查辞官锦衣卫林镇南，同时收用“五岳盟主”左冷禅（元华 饰）外围策应。华山派大弟子令狐冲（许冠杰 饰）与师妹岳灵珊（叶童 饰）奉师命增援林镇南，无奈两人实力不济，领得林镇南遗嘱后遁走，二人于路先后巧遇顺风堂堂主刘正风（午马 饰）、日月神教长老曲洋（林正英 饰）、华山派风清扬，获传《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑。

第一部中，小马哥（周润发 饰）死在乱枪之下，宋子豪（狄龙 饰）和弟弟宋子杰（张国荣 饰）冰释前嫌，英雄的故事还在继续。

徐夕（李连杰）本是神秘杀手组织701部队里的一名冷血杀手，因为不想再做杀人工具，他逃离了该组织来到香港化身为一名普通的图书馆理员，因此结识警察石SIR并与之成为好友，不想701部队为追杀黑帮头目突然现身香港，一时石SIR及警方均束手无策，见好友处于危难中，徐夕挺身而出化 为黑侠。

Rick（张国荣饰）是个顶级射击手，自第一次参加IPSC实战枪击比赛起，已连获数届冠军，Rick的拿手好戏是double tap，即在最短时间内打出两枪，弹孔在同一点上。Rick还是个改良枪支的专家，经他改良后，枪的性能可发挥到最高点。

1997年回归前夕，多方势力矛盾激化，暴力事件频发。

方丽娟（杨千嬅 饰）在一家广告公司任职，她一直受到上司Monica的歧视。Monica只想寻找机会把方丽娟解雇。公司老板的儿子胡启明（陈冠希 饰）从外国回来接手爸爸的生意，但他的兴趣是在制作甜点，所以他每天下班都会去学做蛋糕，回到家就要欺骗爸爸自己去了应酬。丽娟十分不满Monica对她的苛刻，错手把一个丑化Monica的动画发到了Monica的邮箱，Monica要求启明解雇丽娟，启明只好服从。绝望之际丽娟得知任何公司都不能解雇孕妇，所以她决定假扮孕妇。

香港出现神秘自杀事件, 死者在手机视频直播下自焚而死，而在场唯一的目击者却坚称自己当时失去了记忆，并且否认与自杀事件有关。警察重案组接手调查, 所有证据都指向目击者是自编自导自演， 教唆他人自杀的真凶。由于自杀视频的流出，造成公众恐慌，警队高层希望在证据确凿之下尽快结案，以释公众疑虑，但唯独督察黄一聪觉得事有蹊跷。一聪在请示上司后，决定再次对事件展开调查......

1990年代，某城市。这是一幕幕都市悲喜剧：一天夜晚，阿荣英雄救美，邂逅并帮助女子阿敏，让其借宿家中，不料次日阿敏不辞而别。阿荣寻找数日打动其芳心，二人喜接连理。好景不长，阿荣发现妻子的心其实不在自己身上，当下同意离婚。美貌女郎尤格里喜欢上已有家室的老板文山，当文山闻言尤已怀孕后，他原形毕露，退避三舍，尤格里自暴自弃，与社会人物“白领”厮混在一起，后来“白领”经不住旧情人时时逼迫，他也离开了尤格里。尤的表妹小津从表姐的生活遭遇中体悟到人情的冷漠和真情的可贵，她放弃了出国寻找白马王子的幻想，陷入了对人生新的思考......

大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾患频现，民间谣言乃蛟龙作祟，需将童男童女投入锁龙井喂食蛟龙方能得享安宁。祭祀恶俗持续多时，不知多少无辜孩童葬身龙腹，灵龙镇哭声震天，家有幼童者皆人心惶惶。新科进士庄严担任主簿后，坚持进入锁龙井调查蛟龙事件，却不想竟因得罪龙王而锒铛入狱。灵龙县仵作小宛为救心上人，不远千里求请已金盆洗手的宋慈出山查明真相。案件疑点重重，宋慈和小宛联手突破重重难关，终于赶在庄严被斩之前查明真相，庄严得以平反，小宛也在众人的见证下正式向宋慈拜师学艺。然而眼看灵龙镇逐渐恢复平静，宋慈却发现原来真相并没有他想象中那么简单。

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。

余文慧（关之琳 饰）和未婚夫（仇云波 饰）都是知名律师，过着上流人的生活。某日，游龙（甄子丹 饰）来律师事务所办理离婚时目睹了一宗劫案，一大笔美金不翼而飞，另一个目击者就是他太太的律师余文慧。由于误会，大伟和余文慧被警察当作了劫匪通缉，另一边真正的劫匪也没拿到这笔巨款并 怀疑是大伟和文慧二人私吞，也派人追杀他们。二人腹背受敌、百口莫辩，在逃难的过程中，文慧渐渐看清了未婚夫的真面目，同时对大伟另眼相看，真相终于揭开……谁是真正的幕后黑手？大伟和文慧能洗清自己并走到一起吗？