故事讲述ICAC (廉政公署) 陆志廉，JFIU (联合财富情报组) 刘保强分别侦查贪污及洗黑钱案，但苦无线索，这时廉政公署L组 (内部纪律调查组) 程德明收到举报，指陆志廉收贿1200万，陆无法辩解实时停职刘发现陆被诬陷, 并跟一直调查的洗黑钱案有着千丝万缕关系，同时怀疑银行主任游子新协助罪恶集团洗黑钱；陆冒险搜集罪证却遭禁锢，命悬一线.......

国际刑警珍与香港刑警贺龙，一直追查五名犯案在逃之山口组党员高田太郎，得知这班人已往菲律宾，珍与另一名香港刑警沙朗合作调查艾柏为人正义、重友情，但因年前目睹妻子被杀而变得稍微暴燥，时常因辨案时过份拼搏，甚至超越其他部门之界限而被上司怪责。  与此同时，香港时装界女强人陈仙蒂亦为了举辨一项时装展览而到达菲律宾，并且无意间有与警务人员对抗者歼灭。  艾柏与珍除了追查凶徒外，并负责保护仙蒂的安全，艾柏提议到其母亲家中暂住，怎料被高鹏等人追随而来，艾柏的母亲及儿子无辜惨死，而仙蒂侥幸逃离。最后被发现，终近谢仕说出山口组之总部地点，与艾柏一起杀入重团，作出最后一拼。

马会的球赛博彩操盘手被独行杀手（周渝民 饰）杀害，目击证人竟是廉署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰），因为他正与另一调查主任王曼玲（蔡少芬 饰）调查幕后操盘手重案组督察刘保强（张智霖 饰）随后介入案件调查，却与陆志廉心生嫌隙。根据线索，警方得知香港非法赌球幕后有一个大庄家叫华老师（卢海鹏 饰）；同一时间马会保安经理伦添源（林保怡 饰）被杀。杀手原来受聘于国际犯罪集团首脑，该首脑操控了欧洲的球赛赛果，跟香港的搭档合作从中获利，而他的搭档，正是马会的董事（石修 饰），正将继任马会主席。两支纪律部队由开始时的互不信任，到最后发展出默契，誓要将集团连根拔起……

英雄警察陈家驹（成龙 饰）又回来了。不过，性格火爆、直言不讳的他这次因为不满意上司放走了一个极其危险的重犯而和上司吵翻了，愤然辞职。脱离了警察生活的家驹和女友去旅行期间，一间电话公司遭到了炸弹恐吓，本性难移的家驹马上赶到了现场，着手调查案件。

黑社会组织成员韦吉祥（刘德华）因突发纷争砍伤仇家丧波惹上麻烦，在曾心仪许久的大律师Sandy（梁咏琪）的帮助下，他的麻烦得以摆脱，丧波被判入狱五年，但他的妻子亦被人撞死。独自抚养爱子大洪（余文浚）的韦吉祥拙手笨脚，与大洪摩擦不断，幸得红颜知己Ruby（关秀媚）从中调解，两人关系渐变和谐。

陈国荣（成龙 饰）的所在那一组警察是警队精英，破案无数。阿祖（吴彦祖 饰）是总警师的儿子，却勾结了几个高官子弟( 蒋怡丶尹子维丶安志杰丶叶山豪)挑战警方。他们到银行抢劫，警钟敲响警察赶到时，就把阿荣及队员带进了一个早已设计好的空旷仓库里。警员都陷进了匪徒早已设计好的游戏程序里，残忍的被杀害，连阿荣女朋友可颐 （杨采妮 饰）的弟弟也被无法幸免。阿荣就此被停职，出于内疚也跟可颐分手了。 终日喝得烂醉的阿荣在酒吧遇到了阿锋（谢霆锋 饰），阿锋为了使阿荣振作起来，决定假扮警察告诉阿荣自己是上司派来要求得到阿荣协助翻案的新警员。 阿荣又遇到那群狠狠打击他的罪犯，与他们斗志斗勇，在警花莎莎（蔡卓妍 饰）的协助下知道匪徒当年的事件被编成了一部游戏，同时也知道了当年为何情报被泄漏的原因。

社团大哥大华（任达华 饰）通过鸡包（林雪 饰）的安排前去执行非常棘手的社团任务，于是重新召集自己手下最信得过的兄弟阿春（陈小春 饰）、高天（伍允龙 饰）、叉烧（张兆辉 饰）、超人（梁烈唯）以及自己的女儿（邱意浓 饰）一同重出江湖，不料在执行任务时，却一次次失败，遭遇社团和警方的双重围剿，兄弟几人不得不拨开重重迷雾，抓出内鬼，找出真相……

阿龙（莫少聪 饰）服刑四年终于出狱，由于对江湖生活心生倦意，阿龙选择龙凤茶楼栖身，但好兄弟垃圾池（周星驰 饰）很快拜访，又让他开始游走在帮派的边缘。为帮垃圾池的舞女情人出头，阿龙邂逅了舞小姐凤（陈雅伦 饰）和June（陈加玲 饰），凤出污泥而不染的气质令阿龙着迷，自此用心追求，不惜付出鲜血代价，终于以诚心抱得美人归。同时，越来越功利化的帮派不再以义气为先，阿龙为保老大坚叔（吴孟达 饰）受伤，却只落得被其他大佬埋怨，不得不以道歉收场，所幸身边还有垃圾池的支持，虽然此人口不择言，总惹凤气闷……阿龙与凤之间的隔阂分歧不仅此而已，这对儿终于走到一起的情侣，还要面临太多的考验……

少女倚隽（郭智敏 饰）和洁蓉（韩业云 饰）梦想着去欧洲旅行，为了筹得费用，她们决定由洁蓉援助交际出卖肉体，而倚隽为她招揽生意打理钱财。越来越多的男人宣泄他们的欲望，两个女孩子离梦想里的欧洲越来越近。一次警方突然到旅馆搜查卖淫，脱逃的洁蓉从窗口跳下，受了重伤。倚隽背着她到医院 ，洁蓉渴求倚隽带她心爱的男人来见最后一面。男子答应去见洁蓉，却提出要和倚隽性交。清纯的倚隽不能接受这般惊诧的想法，但为了好友，她最终献出了自己的身体。

菲律宾黑帮分子董岳于香港犯案，被警员细鬼,阿龙及其上司梁森缉捕，并由阿龙及政治部的大岛押回菲受审。不料途中让其手下救回，阿龙和大岛在当地警员范曾的协助下决定留下追捕董。在追捕逃犯的过程中，大岛和范的旧拍档均遭董偷袭，不幸身亡，范和阿龙同失好友，决意与歹徒决一死战……

刘青云、吴镇宇担纲主演的这部黑社会动作片，背景为治安混乱、警匪勾结、警察贪污严重的香港旧时代，生动地反映出当时黑势力猖獗、道德沉沦的社会风貌刘和吴原来是一对沙煲兄弟，自小一同在九龙城寨长大。然而在那个混乱的时代，二人分别成为路数不同的黑老大和警长。两人为生存不择手段，刘甚至为讨好吴而出卖自己的爱人朱茵。两人爱恨纠葛的关系，到香港ICAC成立时终于一发而不可收拾……

小豪被组织老大视为义子，继以重望,但组织内部其它成员不满,为不影响老大的地位有所动摇,远走他乡,浪迹江湖......